Τό Ἐκκλησιαστικό Μουσεῖο τῆς Μονῆς, ἱδρύθηκε τό 1987 ἀπό τόν μακαριστό Ἡγούμενο Ἀρχιμανδρίτη Γαβριήλ Μαργαρίτη. Ὁ Γέροντας μέ τήν συνήθη ἐμπνευσμένη σκέψη του καί τήν γνωστή μεγάλη ἀγάπη του γιά τήν ἀνάπτυξη καί τήν δημιουργία ὑποδομῶν στήν Μονή, μερίμνησε προσωπικῶς καί πρωτοστάτησε στήν ἵδρυση τοῦ Μουσείου, θέτοντας ὡς πρώτιστο στόχο τήν διαφύλαξη τῶν κειμηλίων, τά ὁποῖα πλέον ἔγιναν ἐπισκέψιμα στούς προσκυνητές καί ἐπισκέπτες, πού συνεχῶς αὐξάνονταν. Τούς ἀγῶνες καί τίς ἀγωνίες του τότε, συμμερίστηκαν ὁρισμένοι ἄνθρωποι πού ἔγιναν συμπαραστάτες καί συνεργοί του, συμμετέχοντας ἠθικά καί ὑλικά στό μεγαλόπνοο ὄραμα.
Ἔτσι τά ἰσόγεια κελλιά τῆς ἀνατολικῆς πτέρυγας μετά ἀπό τεχνικές ἐπεμβάσεις πού σεβάστηκαν καί διατήρησαν ἀνέπαφη τήν ἀρχιτεκτονική καί αἰσθητική τοῦ χώρου, συνδέθηκαν ἐσωτερικά μεταξύ τους, ἀποτελῶντας τό σημερινό ἑνιαῖο συγκρότημα τοῦ Ἐκκλησιαστικοῦ Μουσείου τοῦ Πανορμίτη. Οὐσιαστικά ὑπάρχουν ἕξι συνολικά αἴθουσες, στίς ὁποῖες συγκεντρώθηκαν καί σήμερα ἐκτίθενται πλῆθος ἀξιόλογων κειμηλίων καί ἀφιερωμάτων.
Στήν α΄ αἴθουσα καί στήν προέκτασή της φιλοξενοῦνται τά καραβάκια, τά κιβώτια καί τά μπουκάλια, πού οἱ πιστοί ἀπ’ ὅλα τά μέρη στέλνουν διά θαλάσσης στόν ἀγαπημένο τους Ἀρχάγγελο. Ὅταν ἡ ἀπελπισία καί ἡ ἀπογοήτευση σκιάζουν καί μαυρίζουν τήν καρδιά, ὅταν πλέον ἡ ἀνθρώπινη βοήθεια ἀποδεικνύεται ἀνεπαρκής καί ἀδύναμη, ὅταν ὁ πόνος καί ἡ τραγικότητα τῆς ἀσθένειας καταβάλει καί τήν στερνή ἱκμάδα τῆς ψυχῆς, τότε ὁ ἄνθρωπος ἀναθεωρῶντας τά πάντα, ἐγκαταλείπει τήν μονοδιάστατη ἐπίγεια προσήλωσή του στήν φθαρτή ματαιότητα καί γαντζώνεται στήν ἀστείρευτη ἐλπίδα καί δύναμη πού ἀκτινοβολεῖ ἡ Ἀρχαγγελική παρουσία. Μέ τούτες τίς «προϋποθέσεις» ἐπιχειρεῖ τότε τοῦτο τό παράτολμο καί παράλογο γιά τούς πολλούς ἐγχείρημα. Ἐναποθέτει τήν πίστη, τήν ἐλπίδα καί τήν ἀγάπη του στήν ἀβεβαιότητα τῆς θάλασσας καί τῶν κυμάτων καί περιμένει τό θαῦμα… Καί ἡ ἀπάντηση δέν ἀργεῖ. Ὅταν πρέπει καί ἐκεῖ πού χρειάζεται, ἡ οὐράνια παρηγοριά ἔρχεται στήν ψυχή πού πάσχει˙ ὁ Ἀρχάγγελος τῆς δανείζει τά πελώρια φτερά Του καί τήν ἀνεβάζει σέ ὕψη δυσθεώρητα. Τά πολυταξιδεμένα τοῦτα ἀφιερώματα, μαρτυροῦν αὐτό ἀκριβῶς τό μέγα καί θαυμαστό σημεῖο…
Ἐπίσης στόν ἴδιο χῶρο θά δεῖ κανείς πολλά παρόμοια ταξίματα, δεδομένου ὅτι πολλοί ἄνθρωποι καί ἰδιαίτερα ναυτικοί, τήν ὥρα τῆς φουρτούνας καί τῆς θαλασσοταραχῆς, ἐπικαλοῦνται τόν Πανορμίτη, τόν ὁποῖο ὅπως καί τόν Ἅγιο Νικόλαο, θεωροῦν προστάτη τους. Στήν συνέχεια ὅταν ὁ κίνδυνος ξεπεραστεῖ καί ἀποτελεῖ πλέον ἕναν κακό ἐφιάλτη, ἔρχονται περιχαρεῖς καί φέρνουν τό τᾶμα τους στόν σωτῆρα τους Ἀρχάγγελο.
Τά ταριχευμένα ἀμφίβια, κροκόδειλοι, ἀλιγάτορες, μικρά αἰλουροειδή κ.ἄ. πού βρίσκονται στό βάθος, πρόσφεραν στό Μοναστήρι τόν περασμένο αἰῶνα οἱ Συμαῖοι τῆς διασπορᾶς, ἰδιαιτέρως δέ τῆς Ἀφρικῆς.
Στήν β΄ αἴθουσα, μέσα σ’ ἕνα τεράστιο ἔπιπλο τῶν ἀρχῶν τοῦ περασμένου αἰῶνα, ἐκτίθενται δεκάδες τεμάχια σερβιτσιῶν κατασκευασμένων στήν Μασσαλία τό ἔτος 1930 (τύπου limoges) πού φέρουν τήν σφραγίδα τοῦ Πανορμίτη καί προορίζονταν γιά τήν πλούσια φιλοξενία πού παρεῖχε ἡ Μονή στούς ὑψηλούς ἐπισκέπτες της. Τούς τοίχους κοσμοῦν μεγάλων διαστάσεων ζωγραφικοί πίνακες ἀναγεννησιακῆς τεχνοτροπίας μέ θέματα ἀπό τήν ζωή καί τό πάθος τοῦ Χριστοῦ, ἔργα τοῦ Νικολάου Καρακατσάνη, καθώς καί μιά εἰκόνα τοῦ Χριστοῦ ὡς «Ζωοδότου» βυζαντινῆς τεχνοτροπίας, αὐθεντικό ἔργο τοῦ μεγάλου Φωτίου Κόντογλου.
Στό μέσον τῆς ἑπομένης γ΄ αἴθουσας δεσπόζει ἕνα μικρό ξυλόγλυπτο κουβούκλιο Ἐπιταφίου, τό ὁποῖο χρονολογεῖται ἀπό τόν 18ο αἰ. καί προέρχεται ἀπό τήν Μονή τοῦ Μ. Σωτῆρος. Περιμετρικά φέρει ζωγραφικές παραστάσεις τῶν Παθῶν τοῦ Χριστοῦ καί χρησιμοποιεῖτο κατά τήν λιτανεία τοῦ Ἐπιταφίου, τήν Μ. Παρασκευή. Ἀξιοσημείωτο εἶναι, ὅτι προκειμένου ὁ Ἐπιτάφιος νά περάσει ἀπό κάθε δρομίσκο τοῦ οἰκισμοῦ τῆς Σύμης, πού ἐκείνη τήν ἐποχή ἐκτεινόταν πέριξ τοῦ Κάστρου μέ κύριο χαρακτηριστικό τά στενά λιθόστρωτα δρομάκια, τό ἱερό Κουβούκλιο διατηρεῖ διαστάσεις ἀνάλογες μέ τά δρομάκια αὐτά, μαρτυρῶντας τήν πατρογονική εὐσέβεια τοῦ Λαοῦ τῆς Σύμης.
Γύρω-γύρω ὑπάρχουν προθῆκες μέ σπάνια μή ἐκκλησιαστικά ἀφιερώματα πιστῶν ἰδιαιτέρως ὁμογενῶν τῆς Ἀφρικῆς, ὅπως μεγάλου μήκους χαυλιόδοντες, χειροτεχνήματα ἀπό ἑλεφαντοστοῦν, χειροποίητα αὐθεντικά κινέζικα πιάτα-δῶρα Συμαίων ναυτικῶν καί πλῆθος ξίφη, τά παλαιότερα τῶν ὁποίων προέρχονται ἀπό τόν ἀγῶνα τοῦ 1821.
Ἡ δ΄ αἴθουσα φιλοξενεῖ ἀμιγῶς ἐκκλησιαστικά ἀντικείμενα, ὡς ἐπί τό πλεῖστον ἄμφια, παλαιά χειρόγραφα, ἀλλά καί μιά πλάκα λιθογραφίας, πού ἀπεικονίζει ἐντυπωσιακά τόν ὅρμο καί τήν Μονή μέ τήν μορφή πού ἀπέκτησαν μετά τό 1911, ἔτος κατά τό ὁποῖο ὁλοκληρώθηκε ἡ κατασκευή τοῦ περίτεχνου Καμπαναριοῦ. Στόν ἴδιο χῶρο ἐπίσης σώζεται ἕνα μεγάλο ρολόι μέ ἐκρεμές καί κουρδιστό μηχανισμό, πού χρονολογεῖται ἀπό τό 1896 καί προέρχεται ἀπό τήν Ἀλεξάνδρεια τῆς Αἰγύπτου. Ἐδωρήθη στή Μονή ἀπό τόν ἐκ Σύμης καταγόμενο Μ. Δ. Χρυσοχόου.
Στήν ε΄ αἴθουσα ἐκτίθενται τά παλαιότερα κειμήλια τῆς Μονῆς, ὅπως παλαιές φορητές Εἰκόνες, ἐκκλησιαστικά χειρόγραφα, ἀργυροποίκιλτα Εὐαγγέλια, ἀργυρόδετοι Σταυροί ἁγιασμοῦ, ἅγια Ποτήρια, Ἀρχιερατικές Μίτρες, ποιμαντικές ράβδοι καί πολλά ἄλλα ἱερά σκεύη, πού χρονολογοῦνται ἀπό τόν 17ο αἰῶνα καί ἑξῆς Τό παλαιότερο χειρόγραφο ἐξ αὐτῶν, περιλαμβάνει τήν Θεία Λειτουργία τοῦ ἱεροῦ Χρυσοστόμου καί ἐπίσης τοῦ Μεγάλου Βασιλείου, πού ἐγράφη στήν Ἱ. Μονή Ἰβήρων τοῦ Ἁγίου Ὄρους, τό ἔτος 1642.
Σέ διαφορετική προθήκη φυλάσσεται μιά φορητή Εἰκόνα τοῦ Ταξιάρχου Μιχαήλ πού σώζεται καί χρονολογεῖται ἀπό τό ἔτος 1739. Εἰκονίζει τόν Ἀρχάγγελο στό κέντρο, ὁ ὁποῖος στέκει ἐπάνω σέ νεκρό ἀνθρώπινο σῶμα καί βαστᾶ στό δεξί του χέρι ξῖφος. Στό ἀριστερό κρατᾶ μέ μορφή βρέφους, τήν ψυχήν τοῦ ἀποθανόντος, ἐνῶ περιμετρικά πλαισιώνεται ἀπό μικρογραφίες ἄλλων ἐννέα εἰκονογραφικῶν θεμάτων. Συγκεκριμένα ἀπό τήν κορυφή καί ἀριστερά: α) Ἡ φιλοξενία τοῦ Ἀβραάμ, β) ὁ Ἀρχάγγελος δεικνύων στήν Ἄγαρ πηγήν ὕδατος, γ), ὁ Ἀρχάγγελος κομίζων τροφή στόν Δανιήλ βληθέντα στόν λάκκο τῶν λεόντων, δ) τό ἐν Χώναις θαῦμα, ε) περί τῆς ὄνου τοῦ Βαλαάμ.
Ἰδιαίτερη ἐντύπωση ἐξ ἄλλου, προξενεῖ στόν ἐπισκέπτη καί τό μεγάλο Ρωσικό Εὐαγγέλιο, τό ὁποῖο κατασκευάστηκε στήν Ρωσία τό 1849 καί φέρει παραστάσεις τῆς Ἀναστάσεως τοῦ Χριστοῦ καί τῶν τεσσάρων Εὐαγγελιστῶν, πού ἔχουν φιλοτεχνηθεῖ σέ σμάλτο. Τήν ἴδια τεχνοτροπία ἔχει τό Ἄγιο Ποτήριο καί Δισκάριο, πού χρονολογοῦνται ἀπό τήν ἴδια ἐποχή.
Ἐπίσης σπουδαίας ἱστορικῆς ἀξίας εἶναι μιά χειρόγραφη ἐπιστολή τοῦ 1830 πού φέρει τήν ἰδιόχειρη ὑπογραφή τοῦ πρώτου Κυβερνήτη τῆς νεοτέρας Ἑλλάδος, τοῦ μεγάλου Ἰωάννου Καποδίστρια καί ἀπευθύνεται στούς Μοναχούς τοῦ Πανορμίτη. Στήν ἴδια προθήκη βρίσκεται ἕνα δερματόδετο Μητρῶο τῆς Κοινότητος τῆς Σύμης, τό ὁποῖο φέρει χρονολογία 1712 καί ἀναγράφει τόν πληθυσμό τοῦ νησιοῦ, κατανεμημένο ἀνά οἰκογένεια καί ἐνορία. Τέλος πολύ ἐνδιαφέρον ἔκθεμα ἀποτελεῖ καί τό «Δευτέριον τοῦ Κοινοῦ Ἑλληνικοῦ Σχολείου», στό ὁποῖο ἀναγράφονται ἀναλυτικά οἱ δαπάνες πού ἡ Μονή κατέβαλε, προκειμένου τό Σχολεῖο νά συντηρεῖται κατά τά ἔτη 1799-1820.
Ἐδῶ ὑπάρχουν ἀκόμη καί τά παλαιά ἀφιερώματα, τά ὁποία ἀναφέρονται στό κεφάλαιο τῶν Θαυμάτων καί μαρτυροῦν τίς θαυματουργικές ἐπεμβάσεις τοῦ Ταξιάρχου, πού πραγματοποιοῦνταν ἀνέκαθεν καί σέ κάθε ἐποχή.
Ἡ τελευταία στ΄ αἴθουσα τοῦ Μουσείου, στεγάζει ἴσως τό ἐντυπωσιακότερο ἔκθεμα. Πρόκειται γιά τόν μεγάλο (1.20Χ1.80) χρυσοκέντητο Ἐπιτάφιο τῆς Μονῆς, ὁ ὁποῖος προέρχεται ἀπό τήν Ρωσία καί κατασκευάστηκε τό ἔτος 1852. Σύμφωνα μέ τίς ἱστορικές πηγές, τήν ἐποχή ἐκείνη Ἡγούμενος τοῦ Πανορμίτη ἦταν ὁ λόγιος ἱερομόναχος Ἱερόθεος Φωτιάδης. Ἡ εὐρυμάθεια καί οἱ πολύπλευρες γνώσεις του, ἔγιναν αἰτία νά συσχετισθεῖ πρίν ἀκόμα εἰσέλθει στίς τάξεις τοῦ ἱ. Κλήρου, μέ τό Οἰκουμενικό Πατριαρχεῖο καί νά ζήσει γιά ἕνα χρονικό διάστημα στήν Κωνσταντινούπολη. Ἐκεῖ λόγῳ τῆς μεγάλης του μορφώσεως ἐπελέγη ἀπό τόν Ρῶσο Πρόξενο τῆς Πόλης Ζαχαρία Ζαχάρωφ, ὡς Διδάσκαλος τῶν παιδιῶν του. Ἀργότερα ὅταν χειροτονήθηκε Κληρικός καί ἐνθρονίστηκε Ἡγούμενος στήν Μονή, ὁ Ρῶσος ἀξιωματοῦχος ἔχοντας μείνει ἀπόλυτα εὐχαριστημένος μέ τίς παρασχεθεῖσες γνώσεις του πρός αὐτά, φρόντισε γιά τήν κατασκευή τοῦ ἐν λόγῳ ἀριστουργήματος, τό ὁποῖο καί τοῦ τό ἐδώρησε εἰς ἔνδειξη τιμῆς καί σεβασμοῦ. Ἀναλυτικά στοιχεῖα περί τοῦ Ἐπιταφίου δημοσιεύθηκαν στήν σχετική μελέτη τοῦ Γ. Β. Πετροπούλου στόν Ι΄τόμο τοῦ περιοδικοῦ "ΔΩΔΕΚΑΝΗΣΟΣ"
Ἐξαιρετικῆς τέχνης ἐπίσης εἶναι καί ὁ Σταυρός μέ τά δύο ἀργυρά ἑξαπτέρυγα, πού φυλάσσονται σέ προθήκη τῆς ἰδίας αἴθουσας. Αὐτά κατασκευάστηκαν στό ἐργαστήριο τοῦ Δ. Χρυσοχόου τῆς Σύμης καί φέρουν τήν χρονολογία 1845. Ἔχουν πλούσια διακόσμηση μέ ἄμπελο καί εἶναι ἀμφιπρόσωπα. Στήν μιά ὄψη τοῦ Σταυροῦ εἰκονίζεται ἀνάγλυφη ἡ Σταύρωση, ἐνῶ στήν ἄλλη ἡ Ἀνάσταση. Στά ἑξαπτέρυγα ἀντίστοιχα εἰκονίζεται ὁ Ἀρχάγγελος Μιχαήλ καί ἕνας ἑξαπτέρυγος Ἄγγελος.
Σημαντική ἀκόμα εἶναι ἡ εἰκόνα τῶν δέκα Μαρτύρων τῆς Κρήτης, ἡ ὁποία χρονολογεῖται ἀπό τόν 17ο αἰ. καί πιό συγκεκριμένα, μεταξύ τῶν ἐτῶν 1667-1673. Τοῦτο προκύπτει ἀπό τήν πρόσφατη ἐπιστημονική μελέτη τῆς ἀρχαιολόγου κ. Σοφίας Γερμανίδου, κατά τήν ὁποία ἡ συγκεκριμένη εἰκόνα εἶναι ἔργο τοῦ Κρητός ζωγράφου Βίκτωρα, πού ἀντλεῖ τά πρότυπά του ὄχι τόσο ἀπό τήν βυζαντινή παράδοση, ἀλλά περισσότερο ἀπό τήν παράδοση τῆς κρητικῆς σχολῆς καί τῆς δυτικῆς τέχνης.