Οἱ ἐργασίες γιά τήν ἀνοικοδόμηση τοῦ Καθολικοῦ (τοῦ κεντρικοῦ δηλ. Ναοῦ), ἄρχισαν πιθανόν τήν ἄνοιξη τοῦ 1776, ἀπό τόν Συμαῖο Ἡγούμενο, ἱερομόναχο Νεόφυτο Κακκακιό. Ὁ ἐν λόγῳ δραστήριος κληρικός βρίσκοντας τά πάντα ἐρρειπωμένα στόν Πάνορμο, ἀνέλαβε τόν δύσκολο ἀγῶνα τῆς ἀνασυγκροτήσεως καί ἀνασυστάσεως τοῦ Πανορμίτη. Ἡ ἀνάγκη τῆς ἀνοικοδομήσεως τῆς κατεστραμένης παλαιοτέρας Μονῆς ἦταν ἐπιτακτική. Ἡ ἤδη ἀθρόα προσέλευση τῶν προσκυνητῶν αὐξανόταν συνεχῶς καί παράλληλα γινόταν ἐντονότερο τό εὐσεβές αἴτημά τους γιά μεγαλύτερο χῶρο λατρείας, ἀντάξιο τῆς φήμης τῶν πολλῶν θαυμάτων τοῦ Πανορμίτη. Ἔτσι ὁ Νεόφυτος γιά νά συγκεντρώσει τά ἀπαραίτητα χρήματα γιά τήν ἐπίτευξη τοῦ ἱεροῦ του πόθου, ταξίδεψε σέ διάφορα νησιά φτάνοντας μέχρι τήν Μυτιλήνη.
Ἡ Κοινότητα τῆς Σύμης στό μεταξύ τό 1777 γιά νά μήν χάνεται πολύτιμος χρόνος, μέ τήν συναίνεση τοῦ Νεοφύτου διόρισε ἐπίσης Ἡγούμενο τοῦ Πανορμίτη τόν μεγαλύτερο σέ ἡλικία ἀδελφό του ἱερομόναχο Κάλλιστο, ὁ ὁποῖος μέχρι τότε ἡγουμένευε στήν Μονή τοῦ Μεγάλου Σωτῆρος (Νερᾶς) τῆς Σύμης. Οἱ δύο ἀδελφοί καταβάλοντας κυριολεκτικά ὑπεράνθρωπους ἀγῶνες καί προσπάθειες, ὕψωσαν τά τείχη τοῦ φρουριακοῦ συγκροτήματος καί ἀνεκαίνισαν ἐκ βάθρων τό Καθολικό πού ὁλοκληρώθηκε τήν 23η Μαΐου τοῦ 1783 καί ἔκτοτε διά τῆς φοβερᾶς προστασίας τοῦ Ταξιάρχου, διασώζεται ἀλώβητο.
Γιά τόν σκοπό αὐτόν, προσκάλεσαν τόν Ρόδιο ἀρχιτέκτονα «μαστρ’ Ἀναστάση Καρναβᾶ», ὁ ὁποῖος ἀνέλαβε τήν μελέτη καί τήν προσωπική ἐπίβλεψη τῶν ἐργασιῶν τοῦ νέου Καθολικοῦ. Ὁ προγενέστερος Ναός μᾶλλον μικρότερος, πιό ἄκομψος τοῦ σημερινοῦ καί ἑτοιμόρροπος, δέν ἔγινε προσπάθεια νά ἀνακαινισθεῖ, παρά μόνο διατηρήθηκε ἕνα μικρό τμῆμα τῆς τοιχοποιΐας στήν βορειοανατολική πλευρά του, πού ἐνσωματώθηκε στήν κατασκευή τοῦ καινούργιου. Ἔτσι, στήν ἴδια θέση θεμελιώθηκε οὐσιαστικά ἐξ ἀρχῆς νέος Ναός, ἡ ἀρχιτεκτονική τοῦ ὁποίου προσέλαβε ἐπιρροές τῆς Γοτθικῆς τέχνης, σύνηθες φαινόμενο στά Δωδεκάνησα ἐκείνης τῆς ἐποχῆς, κατάλοιπο ἀπ’ τό πέρασμα τῶν Σταυροφόρων τῆς Δύσεως. Οἱ ἐξωτερικές διαστάσεις του εἶναι 18 Χ 8 περίπου μέτρα.
Τό μνημεῖο ἀκολουθεῖ τό ρυθμό τῆς μονόχωρης σταυρεπίστεγης Βασιλικῆς, μέ «νευρωτά» σταυροθόλια. Ἡ στέγη διαγράφει δύο τέτοια σταυροθόλια, τά ὁποῖα τέμνουν ἐγκάρσια τήν κεντρική καμάρα σχηματίζοντας ἐπάλληλους σταυρούς. Ἐσωτερικά αὐτά στηρίζονται σέ γοτθικά τόξα κι αὐτά μέ τήν σειρά τους σέ ἕξι παλαιοχριστιανικούς μονόλιθους κίονες, ἐντοιχισμένους κατά τό ἥμισυ. Δύο ἀπό τούς κίονες φέρουν ἄκομψες κεφαλαιογράμματες ἐπιγραφές.
Στήν ἐξωτερική βόρεια πλευρά τοῦ Ναοῦ, ὑπάρχει ἐξαιρετική βυζαντινή τοιχογραφία τοῦ Τιμίου Προδρόμου, πού κρατάει στό δεξί χέρι εἰλητάριο μέ τήν συνήθη ἐπιγραφή: «Μετανοεῖτε, ἤγγικε γάρ ἡ βασιλεία τῶν οὐρανῶν». Ἡ εἰκόνα αὐτή, βρίσκεται στό τμῆμα ἐκεῖνο τῆς τοιχοποιΐας πού ἀνῆκε στόν προγενέστερο Ναό καί διατηρήθηκε καί στόν σημερινό. Ἐξωτερικά ἐπίσης, στό δεξί μέρος τῆς προσόψεως ὑπάρχει ἐντοιχισμένη μαρμαρόγλυπτη κτιτορική ἐπιγραφή, πού παρέχει πολύτιμες πληροφορίες γιά τήν ἀνέγερση τοῦ Ναοῦ καί ἀναφέρει τά ἑξῆς:
«ΚΑΤΑ ΤΟ ẠΨΠΓ (1783) ΜΑΙΟΥ ΚΓ΄ (23)
ΑΝΕΚΑΙΝΙΣΘΗ ΕΚ ΘΕΜΕΛΙΩΝ ΟΥΤΟΣ Ο ΘΕΙΟΣ ΚΑΙ ΠΑΝΣΕΠΤΟΣ ΝΑΟΣ ΤΟΥ ΑΡΧΑΓΓΕΛΟΥ ΜΙΧΑΗΛ ΠΑΝΕΡΜΙΩΤΟΥ ΣΥΝ ΠΑΣΗ ΤΗ ΟΙΚΟΔΟΜΗ ΤΟΥ ΜΟΝΑΣΤΗΡΙΟΥ ΔΙΑ ΣΥΝΔΡΟΜΗΣ ΚΑΙ ΕΞΟΔΩΝ ΠΑΝΤΩΝ ΤΩΝ ΑΠΑΝΤΑΧΟΥ ΕΥΛΟΓΗΜΕΝΩΝ ΧΡΙΣΤΙΑΝΩΝ. ΑΡΧΙΕΡΑΤΕΥΟΝΤΟΣ ΔΕ ΚΑΙ ΤΟΥ ΑΓΙΟΥ ΡΟΔΟΥ ΚΥΡ ΚΑΛΛΙΝΙΚΟΥ, ΗΓΟΥΜΕΝΕΥΟΝΤΩΝ ΤΕ ΚΑΛΛΙΣΤΟΥ ΚΑΙ ΝΕΟΦΥΤΟΥ ΤΩΝ ΙΕΡΟΜΟΝΑΧΩΝ, ΕΠΙΤΡΟΠΕΥΟΝΤΟΣ ΔΕ ΚΑΙ ΤΟΥ ΚΥΡ ΧΑΤΖΗ ΜΙΧΑΗΛ ΤΣΑΤΑΛΙΟΥ. ΑΡΧΙΤΕΚΤΩΝ ΔΕ ΩΝ ΜΑΣΤΡ’ ΑΝΑΣΤΑΣΗΣ ΚΑΡΝΑΒΑΣ ΡΟΔΙΟΣ.ΤΟΥΣ ΕΥΣΕΒΕΙΣ ΦΥΛΑΤΤΕ ΩΣ ΤΑΞΙΑΡΧΗΣ.ΤΟΥΣ ΕΝ ΘΑΛΑΣΣΗ, ΠΛΕΟΝΤΑΣ ΕΥΟΔΩΣΟΝ ΩΣ ΠΡΟΣΤΑΤΗΣ. ΤΟΥΣ ΕΝ ΝΟΣΟΙΣ ΙΑΣΕ. ΠΑΝΤΑΣ ΤΟΥΣ ΕΙΣΕΡΧΟΜΕΝΟΥΣ ΕΙΣ ΤΟΝ ΝΑΟΝ ΣΟΥ ΕΝΘΑΔΕ ΚΑΙ ΕΥΡΙΣΚΟΜΕΝΟΥΣ ΚΑΙ ΤΟΥΣ ΠΡΟΣΚΑΛΟΥΝΤΑΣ ΣΕ ΒΟΗΘΗΣΟΝ ΕΝ ΤΑΧΕΙ ΙΝΑ ΤΙΜΩΣΙ ΤΗΝ ΣΗΝ ΜΕΓΙΣΤΗΝ ΧΑΡΙΝ.»
Ἐσωτερικά ὁ Ναός τυγχάνει πληθωρικά κατάγραφος. Στίς πρῶτες ἀψίδες τῶν πλευρικῶν μακρῶν τοίχων εἰκονίζονται ἀντικρυστά οἱ εἰκοσιτέσσαροι οἶκοι τοῦ Ἀκαθίστου Ὕμνου, ἐνῶ ἀντίστοιχα ψηλότερα ἀπεικονίζεται ὁ Ψαλμός «Πᾶσα πνοή αἰνεσάτω τόν Κύριον» καί ὁ Θεομητορικός ὕμνος «Ἐπί Σοί Χαίρει…». Πάνω ἀπό τό ὑπέρθυρο τῆς κυρίας εἰσόδου, μεγαλειώδης ἀποτυπώνεται ἡ παράσταση τῆς «Ἑτοιμασίας τοῦ Θρόνου» ἤ πιό γνωστῆς ὡς Δευτέρας Παρουσίας. Στήν ὀροφή καί τά πλευρικά τῶν σταυροθολίων ὑπάρχει τό «Δωδεκάορτο». Στήν κατώτερη ζώνη εἰκονίζονται ἅγιοι, ἄνδρες καί γυναῖκες.
Στό ἐσώτερο τμῆμα ἐπίσης, στίς ἀψίδες τῶν πλευρικῶν μακρῶν τοίχων ἀποτυπώνονται ἀντικρυστά παραστάσεις θαυμάτων τῆς Παλαιᾶς Διαθήκης, στά ὁποῖα πρωταγωνιστεῖ ὁ Ἀρχάγγελος Μιχαήλ, ἐνῶ στά πλευρικά τῶν ἐκεῖ σταυροθολίων, ἀπεικονίζονται οἱ ἐμφανίσεις τοῦ Ἀναστάντος Χριστοῦ, ὅπως αὐτές περιγράφονται στά 11 Ἑωθινά Εὐαγγέλια. Ἰδιαίτερες εἶναι ἀκόμα οἱ παραστάσεις τῆς σφαγῆς τῶν νηπίων ὑπό τοῦ Ἡρώδου καί ἀκριβῶς ἀπέναντι ἡ μεγαλοπρεπής ἀπεικόνιση τῆς Θεοτόκου, ὡς Ζωοδόχου Πηγῆς.
Ἡ ἁγιογράφηση τῶν παραστάσεων αὐτῶν, πραγματοποιήθηκε τό ἔτος 1792 ἀπό τούς αὐτόχθονες ἁγιογράφους Ἱερομόναχο Νεόφυτο τόν Συμαῖο καί Κυριακό Καρακωστῆ. Τό συμπέρασμα αὐτό ἐξάγεται ἀπό τήν σαφῆ μαρτυρία τῆς ἐπιγραφῆς πού βρίσκεται στό ὑπέρθυρο τῆς εἰσόδου καί ἔχει ὡς ἑξῆς: «Ἀνιστορήθη οὗτος ὁ θεῖος καί πάνσεπτος Ναός τοῦ Ταξιάρχου Μιχαήλ τοῦ Πανερμιώτη διά συνδρομῆς Καλλίστου καί Νεοφύτου τῶν Ἱερομονάχων, δαπάνης δέ πάντων τῶν εὐσεβῶν Χριστιανῶν ἀρχιερατεύοντος τοῦ πανιεροτάτου ἁγίου Ρόδου κυρίου Καλλινήκου, ἐπιτροπεύοντος Βασιλείου προσκυνιτοῦ. Ἐν ἔτει σωτηρίῳ 1792. Κατά μήνα Ἰούλιον. Χείρ Νεοφύτου Ἱερομονάχου καί Κυριακοῦ τῶν ἀπό Σύμης». (sic)
Ὁ Ἱερομόναχος Νεόφυτος ἀποτελεῖ ἕναν ἐκ τῶν κορυφαίων Συμαίων ἁγιογράφων, ὁ ὁποῖος δραστηριοποιεῖται κατά τό β΄ ἥμισυ τοῦ 18ου αἰῶνα τόσον στήν ἰδιαιτέρα του πατρίδα, ὅσον καί στά ὑπόλοιπα Δωδεκάνησα. Τό 1781, λίγα χρόνια νωρίτερα ἀπό τήν ἁγιογράφιση τοῦ Πανορμίτη, ἔχει ἁγιογραφήσει τόν Ναό τῆς Παναγίας Ἐλεούσης στίς Καλυθιές τῆς Ρόδου, συνεχίζει μέ τήν Κοίμηση τῆς Θεοτόκου στό μικρό Χωριό τῆς Τήλου, ἐνῶ ἀρκετά χρόνια νωρίτερα εἶχε φιλοτεχνήσει Ναούς στήν Νίσυρο καί τήν Κάρπαθο. Μελετῶντας συγκριτικά τήν ἁγιογράφιση τῶν προαναφερομένων μνημείων, πιθανολογοῦμε ὅτι τήν χρονική στιγμή πού ἁγιογραφοῦσε τό Καθολικό τοῦ Πανορμίτη, βρίσκεται πρός τά τέλη τῆς ζωῆς του καί γιά τοῦτο συνεπικουρεῖται στήν ἐργασία του αὐτή ἀπό τόν ἐπίσης αὐτόχθονα Κυριακό Καρακωστῆ, πρᾶγμα πού δέν συνηθίζει στίς προηγούμενες δουλειές του. Τό ἀποτέλεσμα τῆς κοινῆς ἐργασίας τους, ἀποτελεῖ ἴσως τήν κορωνίδα καί ταυτόχρονα τό κύκνειο ἆσμα τῆς ἐν γένει καλλιτεχνικῆς δημιουργίας τοῦ Νεοφύτου.
Τά ἰδιαίτερα αὐτά καλλιτεχνικά δημιουργήματα, ἀπό τήν ἐποχή πού δημιουργήθηκαν καί μέχρι τῶν ἡμερῶν μας, ἀφέθηκαν στήν φθορά τοῦ χρόνου. Μέχρι τό ἔτος 2001, ἡ γενική κατάσταση τῶν τοιχογραφιῶν τοῦ Πανορμίτη ἦταν λίαν ἐπιεικῶς, ἀπογοητευτική καί ἀπαράδεκτη. Οἱ αἰῶνες πού μεσολάβησαν ἀπ’ τήν δημιουργία τους ἄφησαν πάνω τους χαρακτηριστικά σημάδια φθορᾶς, αἰθάλης καί λήθης. Πυκνό στρῶμα μαύρης καπνιᾶς ἔκρυβε τούς πνευματικούς αὐτούς θησαυρούς ἀπό τά μάτια τῶν πολυπληθῶν προσκυνητῶν καί στεροῦσε τήν δυνατότητα μυήσεως στό ἰδιότυπο Συμαϊκό ζωγραφικό ὕφος τοῦ Νεοφύτου.
Οἱ ἁρμόδιες Ὑπηρεσίες τοῦ Ὑπουργείου Πολιτισμοῦ τότε, ἀποστέλλοντας πεπειραμένους συντηρητές σέ μιά ὁμολογουμένως ἀξιέπαινη προσπάθεια ἐπί τέσσερα συναπτά ἔτη, κατόρθωσαν νά ὁλοκληρώσουν ἐπιτυχῶς τήν ἐπίπονη ἐργασία τοῦ καθαρισμοῦ καί ἐν μέρει τῆς αἰσθητικῆς ἀποκαταστάσεως τῶν εἰκονογραφικῶν θεμάτων.
